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Banques BAC Criblée et groupée

Depuis 1997 nous construisons des banques d'ADN et d'ADNc de grande qualité. Nous comptons parmi nos clients Agriculture Canada, Pioneer Hi-Bred Int'l (DuPont), Bayer, Cargill, ainsi que les Instituts Max Planck en Allemagne. Nous garantissons des inserts de grande taille, un court délai d'exécution et un prix imbattable.

Voici nos références, que nous sommes fiers de présenter.

Nous offrons également la construction dans des vecteurs shuttle ou autres vecteurs spécialisés. Contactez-nous pour plus d'informations.

Banque BAC criblée et groupée

Une banque de BAC groupée (pooled) est un outil précieux pour le criblage par amplification en chaîne par polymérase (PCR). Cela permet de récupérer facilement les clones de BAC intéressants. Cette sorte de banque est particulièrement utile lorsque la taille du génome est grande et que la disposition de la banque en rangées ordonnées (array) entraine un coût prohibitif.


Points saillants

  1. Typiquement, nous construisons une banque de BAC 5X au minimum, ce qui assure une probabilité de 99.3% de trouver la séquence ciblée. Une couverture additionnelle et une construction à deux enzymes sont possibles (frais additionnels). Nous sommes fiers d’offrir un service sur mesure pour répondre aux besoins de nos clients.
  2. Les clones de BAC sont ensuite regroupés et distribués dans des plaques de 96 puits. Par exemple, une banque de BAC créée à partir d’une espèce dont le génome est de 3Gb comptera un minimum de 125 000 clones de BAC (avec une moyenne de tailles d’inserts de 125 kb), distribués dans 3 plaques de 96 puits. Chaque puits contiendra environ 400-500 clones de BAC originaux.
  3. La couverture est garantie. Le nombre de clones reçus, dépendamment de la couverture demandée, est fonction de la taille du génome, en comptant une moyenne de 120 kb par insert.
  4. L'isolation d'ADN à haut poids moléculaire (HMW DNA) et le contrôle de qualité par digestion enzymatique sont inclus.
  5. Les banques de BAC groupées (pooled) peuvent être entreposées à nos installations gratuitement pour criblage futur, et ce, sans limite de temps !

Services connexes

 

  1. Criblage: La banque de BAC peut être criblée par PCR en utilisant des paires d’amorces fournies par le client, de façon à amplifier un segment de la zone ciblée. Le prix du criblage dépend de la taille du génome. Le client décide du nombre de clones de BAC positifs qu'il désire acheter.
  2. Regroupements (pools) de rangées et de colonnes dérivés d’une banque de BAC: Nous pouvons fournir les pools suivants, qui peuvent être criblés immédiatement par le client.
    1. Regroupements de rangées de plaques de Superpools: ADN isolé.
    2. Regroupements de colonnes de plaques de Superpools: ADN isolé.

Avantages

La banque de BAC regroupée peut être criblée des centaines de fois et entreposée indéfiniment. Notre méthode de regroupement garde la banque dans un format compact très facile à entreposer. Des copies peuvent être faites facilement et envoyées aux collaborateurs du monde entier de façon économique.

 

Désavantages:

Le seul désavantage de cette sorte de banque est qu’elle ne peut pas être utilisée pour la cartographie physique ou le séquençage du génome intégral.

Nos forces

  • Nous garantissons la couverture.
  • Moyenne des tailles d'inserts élevée et distribution uniforme des tailles (voir graphique 1 ci-dessous).
  • Nous avons l'expérience des banques d'origine végétale, fongique, bactérienne et animale.
  • Nous avons une expérience approfondie des organismes riches en GC et des bactéries marines.
  • Nous procédons à l'extraction d'ADN de haut poids moléculaire à nos installations.
  • Nous avons une longue expérience de l'expédition à l'échelle mondiale.
  • Nous fournissons du soutien technique.
  • Les banques de BAC sont la propriété du client et ne sont jamais utilisées à l'interne, vendues, ou distribuées.
  • Voici nos références.

Tableau 1: Exemples de quelques banques construites dans le passé, avec les moyennes de tailles d'inserts obtenus.

 

Matériel de départ Taille des inserts
Musmusculus 180 Kb
Zea mays 150 Kb
P. brassicacearum 160 Kb
P. omnivore 185 Kb
Arabidopsis thaliana 150 Kb
Homo sapiens 215 Kb

Figure 1: Electrophorèse en champ pulsé de clones BAC d’insectes (Mamestra configurata), après digestion avec NotI, montrant les inserts dont la taille moyenne est de 178 kb.

Clones d'insectes

Figure 2: Electrophorèse en champ pulsé de clones BAC fongiques (P. omnivora), après digestion avec NotI, montrant les inserts dont la taille moyenne est de 185 kb.

Bac fongiques

Graphique 1: Distribution des tailles d'inserts des clones d’une banque de BAC de soja .(Glycine max) (moyenne de 140 kb)

Distribution clones

Importance d'une Banque BAC

Les banques de BAC sont essentielles aux projets de recherche génomique à grande échelle, tels que le séquençage génomique, la cartographie physique ou le clonage de gènes. La technologie du clonage par chromosomes artificiels de bactéries (BAC) a été développée au début des années 1990 et a rapidement gagné en popularité. Bien que cette technologie ait été développée beaucoup plus tard que les chromosomes artificiels de levures (YAC) et que la technologie des cosmides, elle a été utilisée pour des analyses génomiques incluant la cartographie physique à grande échelle et le séquençage génomique. Cette préférence est due aux avantages techniques procurés par les BAC par rapport aux YAC ou aux cosmides, tels que résumés ci-dessous:

La taille des inserts est plus grande (jusqu'à 300kb) que pour les cosmides ou autres systèmes à base de plasmides.
Le système est beaucoup plus stable que celui de la levure.
Les clones et les banques de bactéries poussent beaucoup plus vite que les YAC.
Les préparations d'ADN sont plus faciles à manipuler et à disposer en quadrillages.
Le système permet un criblage plus efficace, soit par hybridation, soit par amplification en chaîne par polymérase (PCR).
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Applications complémentaires

L'utilisation principale des banques de BAC est le séquençage génomique et la cartographie physique à grande échelle, mais comprend aussi les applications suivantes:


Isolation de groupes de gènes impliqués dans toute une voie métabolique

Une banque de BAC peut être utilisée pour explorer les voies génétiques impliquées dans diverses maladies, le développement de nouveaux médicaments, la génétique des plantes ou les voies métaboliques microbiennes. Toute unegamme d’applications découle de la construction de banques de BAC, incluant des Macroarrays de BAC, l'isolation de gènes par PCR regroupé, l'hybridation basée sur l'homologie en utilisant diverses sondes d'ADN.


Préparation de sondes pour hybridation in situ fluorescente (FISH)

L' hybridation in situ fluorescente (FISH) utilise des vecteurs de BAC comme sondes pour révéler les réarrangements chromosomiques, amplifications, délétions et aneusomies dans les échantillons de tissus. Habituellement, des sondes fluorescentes sont utilisées pour marquer des régions spécifiques de chromosomes dans un échantillon de cellules où les séquences génétiques spécifiées se trouvent.


Complémentation avec vecteur binaire pour clonage basé sur la cartographie chez les plantes

Une banque de BAC peut être utilisée pour examiner la structure génétique de génomes de plantes, ainsi que pour analyser des génotypes mutants, en utilisant des techniques de complémentation. Cela procure aux chercheurs un outil fiable pour étudier l'expression génétique globale chez les plantes et pour isoler des gènes individuels.

Arpentage génomique

L'arpentage génomique permet de séquencer un génome en utilisant des banques de BAC, plutôt que de séquencer directement à partir d'ADN génomique non cloné, ce qui est un projet très difficile. Cela permet aussi d'étudier la structure des gènes dans le génome intégral.