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细菌人造染色体BAC文库 池化的/ 筛选的

nt'l、拜耳公司、嘉吉公司、美国哈佛大学、 英国剑桥大学以及在德国的Max Planck 研究所等机构。我们承诺快周期、合理的价格和大的插入片段。

若需要,我们会很高兴地向您提供使用过我们公司服务的人或机构作为参考人

一个阵列文库也可以用来做整个基因组测序或者物理图谱构建的唯一模板。请联系areti@biost.com.

池化的BAC文库


对于PCR筛选,池化的BAC文库是一个很重要的工具。它可以轻易的筛选到目标BAC克隆。这种类型的文库在对于大基因组的筛选非常有用,因为构建一个阵列的文库成本昂贵。


亮点

  1. 我们通常会建立一个至少5倍BAC文库容量的文库,其中保证了99.3%的发现目标序列的概率。还可以提供额外的覆盖以及双酶切服务(另外计费)。我们可以按客户的需求来调整我们的服务。
  2. BAC克隆随后被池化扩增并分布在96孔板里。例如,从一个3Gb物种中建立的BAC文库将会含有至少125,000个BAC克隆(平均插入片段125Kb),这些克隆分布于3个96孔板里。每个孔里将含有约400-500个原始BAC克隆。
  3. 覆盖率是有保证的。收到的克隆都是基于我们承诺的覆盖率和120kb的平均插入片段。如果插入的片段小于120kb,我们会增加克隆的数量。
  4. HMW DNA isolation and QC by HMW DNA enzymatic digestion are included.
  5. 在我们公司里为您免费并且无限期地保存池化了的BAC文库!

相关服务

  1. 池化的文库的筛选:我们将用客户提供的PCR引物(对),采用PCR筛选。每次筛选的价格是根据基因组的大小而定。客户可以决定他所要挑取的阳性克隆的数量。我们先筛选阳性池,然后从中分离出阳性克隆。
  2. 池化的BAC文库的超级池或者池化打包:我们也提供以下可以让客户自己进行筛选的池(细胞和DNA)。
    1. 从超级池的盘中得到的行的池:甘油保存+提取的DNA。
    2. 从超级池的盘中得到的列的池:甘油保存+提取的DNA。

Advantages:

池化的BAC文库可以筛选数百次并且可以无限期的贮存。我们的池化方法可以将文库可以筛选数百次并且可以无限期的贮存。我们的池化方法可以将文库以一种紧凑的方式方便保存。拷贝容易获得,并且可以经济的方式寄往世界各地的合作者

 

Drawback:

这种文库唯一的缺点就是它不是用于物理图谱和全基因组测序的理想库,因为经过池化扩增后的代表性有所改变。

我们的强项

 

  • 我们保证覆盖率。
  • 高的平均插入片段和插入片段大小分布(见以下图表1)。
  • 用我们自己的设备进行高分子量DNA 的抽提。
  • 我们有着构建植物、真菌、细菌和动物文库的经验。
  • 我们有着处理高GC含量的生物和海洋细菌的经验。
  • 我们的阵列BAC文库是用带条形码的微孔板来运输
  • 我们有着运往世界各地的丰富的运输经验。
  • 运用蓝旗温度数据记录仪来监控非阵列文库的运输。
  • 我们提供技术支持。
  • BAC文库是客户的财产,我们绝对不会在内部使用,出售或者分发。
  • 我们会很高兴地向客户提供曾经使用过我们公司服务的人作为参考。

Table 1: A few libraries constructed in the past with obtained average insert sizes.

Starting material Insert size
Musmusculus 180 Kb
Zea mays 150 Kb
P. brassicacearum 160 Kb
P. omnivore 185 Kb
Arabidopsis thaliana 150 Kb
Homo sapiens 215 Kb

 

Figure 1: PFG following NotI digestion of insect BAC clones ( Mamestra configurata) with an average insert size of 178Kb

Insect

Figure 2: PFG following NotI digestion of fungal BAC clones P. omnivora) with an average insert size of 185Kb.

Fungal

Graph 1: BAC clone insert size distribution (average of 140Kb) of a Soybean BAC library (Glycine max).

Distribution of clones

BAC文库的应用

BAC文库是进行大规模基因组研究时最基本的元素单位, 这样的研究包括:目标基因的筛选,生物合成路径基因簇的克隆,转基因鉴定,基因/基因簇功能的分析,物理图谱(基因定位)和基因组的测序,等等。细菌人造染色体(BAC)克隆技术是在20世纪90年代初被研究开发出来的,并迅速获得科学家们的采用和普及,当时的BAC文库主要应用于深入了解基因网络叠构的影响,尤其是基因累加和基因组方向变化性的效应等问题。尽管该技术比酵母人工染色体(YAC)和基于cosmid/fosmid基因组文库克隆技术发展得更晚,但由于BAC文库比YAC和cosmid/fosmid文库更具有的以下技术优势,它很快就变得很流行和发展起来:

  1. 比cosmid/fosmid和其他质粒系统有更大的插入片段(最高可达300 kb,
  2. 比酵母系统的更稳定,
  3. BAC文库的DNA更容易提取(超螺旋BAC DNA与线性YAC DNA之比)。

BAC文库的另一主要应用还在于大规模物理图谱和基因组测序。 以下是一些应用示例:

文库筛选

为分离和获取目标大片段基因克隆,BAC文库可以加速其筛选进程,提高筛选速度。

有关生物合成途径基因簇的分离

BAC文库可用于筛选源于土壤和海洋环境的微生物的生物合成途径的基因簇。这可以有效地帮助人们在药物研发(主要是抗生素),植物遗传和微生物代谢研究中尽快发现所寻找的新的化合物和用于工业微生物生产的新的生物酶。

FISH探针的制备

FISH (Fluorescence In Situ Hybridization探针通常都是由BAC克隆制成的。该技术可用于检测染色体重排,异倍体和DNA的缺失等遗传问题。

双元载体的BAC克隆用于植物图位克隆的互补转化试验

用DNA碱基互补配对的原理,BAC文库可用于检测植物基因组的遗传结构及其基因型突变的分析。这为科学家们提供了一个可靠的工具来研究植物物种中的通用性基因的表达及单个基因的分离。

物理图谱和基因组测序

BAC文库和其重叠BAC克隆是基因组测序和重叠区组装的重要工具。